Бактериально-вирусная микробиота мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей (пилотное исследование)

Введение

На сегодняшний день, на наш взгляд, сложилась несколько тупиковая си­туация по ведению и лечению паци­ентов, а чаще это женщины, с неосложнённой рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей (НРИНМП). Антибактериальная терапия (АБТ) имеет низкую эффективность, причина которой многофакторна [1, 2]. В 2018 году Гайдлайн EAU [3] содержал две, на наш взгляд, вза­имоисключающие рекомендации: «у пациентов с типичными симптомами неосложнённого ци­стита анализ мочи (посев на стерильность, ана­лиз тест-полоской) имеет ограниченную диа­гностическую ценность», а с другой стороны «у женщин с симптомами неосложнённого цисти­та диагностически значимым является уровень бактериурии ≥10³ КОЕ/мл (УД3).

Первая мысль вызывает массу вопросов. Как странно звучит сочетание слов «посев на стерильность»! Если признать, что к 2018 году всем, наконец, стало известно о нестерильно- сти мочи здоровых людей [4], то понятно, что со стороны EAU это неудачная игра слов и дефини­ций. Тем не менее, несмотря, на ограниченность диагностических тестов, уровень бактериурии в Гайдлайне 2018 года все-таки приводился. В рекомендациях EAU 2019 года [5] уже не найти уровень диагностически значимой бактериурии и «точный диагноз неосложнённого цистита мо­жет быть основан на прицельном анализе сим­птомов нижних мочевых путей при отсутствии вагинальных выделений и болезненности» (УД 2b). При этом, к сильному уровню доказатель­ности относят: «посев мочи в следующих случа­ях: при наличии симптомов, которые не прохо­дят или рецидивируют в течение 4 недель после завершения лечения, у женщины с атипичными симптомами, у беременных». Очень сложно сказать насколько этот вариант рекомендации повысит эффективность лечения НРИНМП. Во- первых, достаточно сложно оценить пациента, у которого симптомы не проходят в течение меся­ца, и пациент ждёт следующего шага врача в его обследовании. Во-вторых, сложность в обследо­вании и лечении пациентов с НРИНМП связана ещё и с тем, что в этиологической структуре за­болевания остаются недоизученными бактери­альная, вирусная и другие составляющие.

Мы неоднократно писали о том, что «зато- ченность» исследователей только на представи­телях семейства Enterobacteriaceae - это тупи­ковый путь в изучении данной проблемы. При наличии в макроорганизме человека в норме 100 триллионов бактерий [6] сложно предпо­ложить, что только энтеробактерии обусловли­вают развитие НРИНМП. На сегодняшний день многие исследователи пишут о роли грампо- зитивной, анаэробной микрофлоры и вирусов в этиологической структуре инфекций нижних мочевых путей [7-9].

Цель исследования: изучить бактериально­вирусные ассоциации мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей.

Материалы и методы

В пилотное исследование вошли 14 паци­енток с НРИНМП, средний возраст - 33,0 + 4,7 года. Критерии включения: наличие в анамнезе клинических проявлений рецидивирующей ин­фекции нижних мочевых путей, наличие двух обострений в течение 6 месяцев или трёх реци­дивов в течение 1 года, отсутствие заболеваний, передающихся половым путём в анамнезе и на момент исследования, согласие обследуемых на участие в исследовании. Объектом исследо­вания являлась средняя порция утренней мочи, собранной после соответствующей гигиениче­ской процедуры, до назначения эмпирической АБТ в стерильный одноразовый контейнер Ster­ile Uricol (for urine sample collection, overflow­ing capacity 50 ml, «HiMedia»). Мочу делили на 3 аликвоты: 1 - для общего анализа мочи, 2 - для бактериологического исследования, 3 - для постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР). Бактериологическое исследование мочи проводили на основании клинических рекомен­даций (2014) [10], но с применением расширен­ного набора различных питательных сред для культивирования факультативно-анаэробных (ФАБ) и неклостридиальных анаэробных (НАБ) бактерий [11, 12]. Определение вирусных аген­тов осуществляли методом ПЦР с детекцией в режиме «реального времени». Выделение ДНК производили сорбционным методом с исполь­зованием набора «АмплиПрайм ДНК-сорб-В» («НекстБио») из образцов мочи, с предвари­тельным концентрированием (центрифугиро­вание 5 минут при 10000g). Для выявления ДНК герпесвирусов человека типов 1, 2, 4, 5, 6, 7, 8 использовали наборы реагентов: «АмплиСенс® EBV/CMV/HHV6-cкрин-FL», (ФБУН ЦНИИЭ Ро­спотребнадзора), «HSV1/HSV2/CMV ГерпесКом- плекс», «Набор реагентов HHV8 для выявления ДНК вируса герпеса человека 8 типа» («ДНК- технология»), «Human Herpes virus 7 GenPak DNA-Fluo PCR test» (НПФ «Генлаб»). Определе­ние ДНК вируса папилломы человека (HPV 6, 11, 16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 44, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73, 82) осуществляли набором реагентов «HPV квант-21» (ДНК-технология), поиск ДНК Parvovirus B19 выполняли набором «АмплиСенс® Parvovirus B19-FL» (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора).

Результаты

В моче во всех случаях обнаружены аэробно­анаэробные ассоциации. Представители семей­ства Enterobacteriaceae регистрировали в 92,8% наблюдений, они были представлены E. coli (78,6%), Klebsiella spp. (14,2%), Proteus spp. (7,1%). Причём у одной пациентки одновременно (7,1%) из мочи выделяли E. coli + Klebsiella spp. Средний уровень бактериурии для энтеробактерий соста­вил 10^4,4 КОЕ/мл с размахом колебаний от 10^2,0 КОЕ/мл до 10^7,0 КОЕ/мл.

Паттерн грампозитивной микрофлоры состо­ял из 7 родов и/или видов и в различных комби­нациях его обнаруживали у всех пациенток. Так - сономическая структура грампозитивной флоры была представлена: E. faecalis (64,3%), S. lentus (21,4%), Corynebacterium spp., S. warneri, E. fae- cium (по 14,3%), S. epidermidis + E. coli регистри­ровали у 4 (28,6%) женщин, E. faecalis + E. faecium + E. coli + Klebsiella spp. - у 1 (7,1%), E. faecalis + E. faecium + E. coli также у 1 (7,1%) пациентки.

Неклостридиальные анаэробные бактерии (НАБ) выделяли из мочи во всех наблюдениях при доминировании Eubacterium spp. (57,1%). Таксономическая структура НАБ была представ­лена 5 родами: Eubacterium spp., Peptostrepto- coccus spp., Peptococcus spp., Bifidobacterium spp., Propionibacterium spp.

Вирусы выявили в моче у 6 (42,9%) пациен­ток. У 4 (28,6%) из них обнаружен вирус Эпштей­на-Барра (EBV), причём в 1 случае в ассоциации с вирусом папилломы человека (HPV53), в двух других случаях (по 7,1%) верифицировали цитомегаловирус (CMV) и вирус герпеса человека типа 6 (HHV6) соответственно.

Приводим примеры ассоциаций бактерий и вирусов у пациенток с НРИНМП (табл. 1).

Обсуждение

В данном пилотном исследовании мы под­робно привели результаты тех пациенток с НРИНМП, у которых в моче обнаружены вирусы.

Мы хотим обратить внимание, что вирусы вери­фицированы в моче молодых женщин в возраст­ном диапазоне от 18 до 29 лет. В проведённой ранее работе по исследованию вирусо-бактериальных ассоциаций в моче здоровых женщин (n=20) лишь у одной обследуемой (5,0%) в воз­расте 43 лет были верифицированы HHV6 [13]. При НРИНМП мы наблюдаем совсем другую ситуацию - доминирование в моче EBV. Ана­лизируя бактериальную составляющую микро­биоты мочи, вырисовывается картина сужения бактериального спектра микроорганизмов, ве­рифицированного в моче при НРИНМП. Так, у здоровых людей в моче обнаружено 27 родов и/или видов микроорганизмов, а при НРИНМП - всего 15 (p<0,05). Причём, в норме представи­тели семейства Enterobacteriaceae были пред­ставлены E. coli (10,0%), Klebsiella spp., Proteus spp. (по 5,0%), Enterobacter spp., Citrobacter spp. (по 2,5%). А в настоящем пилотном исследо­вании доминирующим видом явилась E. coli (78,6%), реже регистрировали Klebsiella spp. и Proteus spp. (14,2% и 7,1% соответственно). Об­ращает на себя внимание значимо (p<0,05) уз­кий спектр НАБ в моче пациенток с РНИНМП (5 родов) по сравнению со здоровыми женщина­ми (12 родов). 

Если проанализировать приведённые дан­ные по верификации вирусо-бактериальных ас­социаций в моче пациенток с НРИНМП, то воз­никает несколько вопросов. Во всех случаях в моче верифицированы каузативные патогены: энтеробактерии и/или энтерококки и вирусы. Так вот, на что должно быть направлено лечение, в первую очередь, на какую составляющую - бактериальную или вирусную, или на обе одно­временно, или что-то можно игнорировать? Какой патоген явился триггером инфекционно­воспалительного процесса? Какое значение в приведённых микробных композициях имеют неклостридиальные анаэробные микроорга­низмы? Они немые свидетели развивающейся драмы или же соучастники очередного рециди­ва?

Бесспорно, вопросов много, а кто имеет от­веты? Наши дальнейшие исследования будут направлены на увеличение когорты обследуе­мых, проведение морфологических исследова­ний биоптатов мочевого пузыря, анализ резуль­татов различных вариантов терапии.

К сожалению, в рекомендациях EAU 2019 года не отражены персонифицированные под­ходы к обследованию и лечению этой очень сложной когорты пациенток.

Выводы

У пациенток с неосложнённой рецидиви­рующей инфекцией нижних мочевых путей в 42,9% случаев в моче верифицированы вирусы с доминированием EBV (28,6%). Лечение данной когорты пациенток, по-видимому, должно быть направлено не только на бактериальный, но и вирусный компоненты микробиоты мочи.